嘉興市第一醫院是嘉興市感染性疾病定點診治醫院。感染性疾病科是嘉興市醫學重點學科（支撐學科），嘉興市病毒相關性傳染病重點實驗室、嘉興市傳染病診療質量控制中心負責單位；承擔本地區各類感染性疾病的診斷、教學和臨床救治工作，在嘉興市突發公共衛生事件（如SARS、手足口病、禽流感、甲型流感、新型冠狀病毒感染等）中發揮傳染病診治、防控的主導作用。
感染科擁有各級專業醫師28人，是目前嘉興市技術力量最強、醫療設備領先的特色專科，是嘉興市的感染性疾病診治中心。現開設2個病區，床位95張。感染科專業技術力量雄厚, 在多年的臨床工作中，形成了以“慢性肝病規范化診治及管理”、“終末期肝病及肝癌綜合診治技術研究”、“疑難發熱感染性疾病規范診治及機制研究”和“艾滋病個體化治療、免疫機制研究及長期管理”為主的四個穩定的研究方向。
對各類肝病、重癥肝病、肝衰竭搶救治療領域在嘉興市領先，該科在嘉興率先開展了“人工肝”血漿置換技術，通過“人工肝”系統治療多種原因引起的肝功能衰竭，為患者贏得更多的生存機會。率先引進肝臟無創瞬時彈性檢測儀，有效提高肝纖維化、脂肪肝的診斷率，對各種原因的肝病包括酒精性肝病、藥物性肝病、病毒性肝病、自身免疫性肝病等具有良好的診斷價值，更好地為嘉興老百姓健康保駕護航。尤其對各種肝炎、脂肪肝、藥物性肝損、酒精性肝病、中毒性肝損等采用各種有效的綜合性治療，獲得了滿意的效果。在晚期肝病、肝硬化、肝癌等診治方面取得一定進展，開展經頸靜脈肝內門腔靜脈分流術（ TIPS）、肝囊腫硬化劑治療、疑難肝病活檢術等領先技術。
2016年開展“乙肝母嬰阻斷零傳播工程”項目，是中國肝炎防治基金會和中華醫學會感染病分會核定的全國百家防治醫院之一。2017年成立嘉興市肝病研究所，2018年參與浙一醫院李蘭娟院士的《國家十三五重大傳染病防治科技專項---不同乙肝疾病進展危險度腸道微生態干預技術方案研究》。2020年至今參與中國肝炎防治基金會組織全國200余家醫院聯合的“乙肝臨床治愈”項目，已實現乙肝臨床治愈的患者高達100余名。積極參與“名醫到嘉”項目，2020年加入上海交通大學附屬瑞金醫院感染科專科醫聯體，每月邀請上海專家來我院肝病特需門診，讓老百姓不出家門就能享受一流的診療服務。
感染科承擔嘉興學院醫學院傳染病學教學任務。先后承擔省市級科研課題及嘉興市第一醫院課題20余項。每年發表在SCI、中華及省級以上雜志高水平論文10余篇，獲得各類專利30余項。每年舉辦杭嘉湖三市感染病學術年會，“日本血吸蟲病肝纖維化發展機制及其防治的臨床研究”課題，獲得省衛生廳2006年度科技創新二等獎，獲嘉興市科技進步一等獎。主辦了《基層醫院新發傳染病診治能力提高班》、《慢性乙型肝炎規范化管理學習班》、《基層醫院傳染性疾病防護技能提高班》、《新型冠狀病毒肺炎防控技術提高班》等多項國家級、省級和市級繼續教育項目，培訓基層醫護人員千余人次。
常年開設肝病門診、腸道門診、發熱門診、感染門診、手足口病門診、脂肪肝門診及艾滋病關懷門診。
